Územie bolo osídlené už v eneolite, potom v dobe bronzovej a ako opevnené hradisko v dobe veľkomoravskej. V roku 1243 im uhorský kráľ Belo IV. udelil privilégia, ktoré boli aj prvou písomnou zmienkou o meste. Mesto Spišské Vlachy patrili do Spoločenstva spišských Sasov. Od roku 1412 do roku 1876 boli v poľskom zálohu. Od roku 1778 boli súčasťou Provincie 16 spišských miest. V roku 1923 im bol titul mesta odňatý a stali sa obcou. V roku 1992 boli Spišské Vlachy znovu vyhlásené za mesto.